Biyoenformatik ve Bilgisayarlı Biyoloji

members.jpg

http://bioserver.ceng.metu.edu.tr/

Laboratuvarımız resmi olarak 2006 yılında bölümde devam eden biyoenformatik araştırmalarını bir araya toplamak amacıyla kurulmuştur. Çalışmalarımız, moleküler biyolojiyle ilişkili verilerin analizi ve süreçlerin modellenmesi için hesaplama tekniklerini geliştirmek ve uygulamak üzerine odaklanmıştır. Araştırmalarımızın genel olarak amacı biyologların karmaşık biyolojik sistemleri anlamalarına, açıklamalarına ve davranışlarını öngörmelerine yardımcı olmak için yazılım araçları sağlamaktır. Proteinlerin işlevsel sınıflandırılması, gen ifadesi analizi, protein-protein etkileşimi ve ağ analizi gibi biyoenformatik problemlerine çözümler sunmak için otomatik öğrenme, istatistiksel modelleme ve çizge kuramı gibi alanlardan yöntemler kullanmaktayız. Birkaç örnek vermek gerekirse, protein dizileri için öznitelik seçimi ve öznitelik çıkartılması için otomatik öğrenme teknikleri geliştirilmesi; gen ifadesi verilerinde benzer davranışlara sahip genlerin bulunabilmesi için gen ifadesi örüntülerinin kullanılması; protein-protein etkileşimi ağlarının oluşturulması ve analiz edilmesi için istatistiksel teknikler kullanılarak çok sayıda veri kaynağının bütünleştirilmesi gibi konular üzerinde çalışmalarımız hala devam etmektedir.

Grup Üyeleri

  • Prof Dr Volkan Atalay
  • Yrd. Dr Tolga Can
  • Merter Sualp (Doktora Öğr.)
  • Alper Soyler (Gıda Müh. Doktora Öğr.)
  • Ayşe Gül Yaman (Doktora Öğr.)
  • Zerrin Sökmen (Doktora Öğr.)
  • Bahar Pamuk (Doktora Öğr.)
  • Oral Dalay (Doktora Öğr.)
  • Sevgi Yaşar (Y. Lis. Öğr.)
  • M. Ersan Topaloğlu (Doktora Öğr.)
  • S. Özge Gürsoy (Bilkent MBG Y. Lis. Öğr.)

Mevcut Projeler

  • Altdizi Analizine Dayalı Genom Anlamlandırılması, TÜBİTAK 105E035, 2005-2007,
  • İstatistiksel Yöntemler Kullanarak Genom Ölçekli Protein Ağlarının Oluşturulması ve Analizi, TÜBİTAK 106E128, 2007-2010,
  • Kanser Genlerindeki Promoter Bölgeleri ile İlgili Motif Arama (CAPRİS), ODTÜ-Bilkent Üniversitesi ile ortak proje,
  • Yüksek Ölçekli Mikrodizin Analizi, ODTÜ-Bilkent Üniversitesi ile ortak proje,

Geçmiş Projeler

Seçilmiş Yayınlar

  1. Turanalp, M. E., & Can, T. (2010). Finding frequent patterns in protein-protein interaction networks. [bib]
  2. Camoğlu, O., Can, T., & Singh, A. K. (2006). Integrating multi-attribute similarity networks for robust representation of the protein space. Bioinformatics, 22(13), 1585-1592. [bib]
  3. Can, T., Chen, C. -I., & Wang, Y. -F. (2006). Efficient molecular surface generation using level-set methods. Journal of Molecular Graphics and Modelling (JMGM), 25(4), 442-454. [bib]
  4. Atalay, V., & Cetin-Atalay, R. (2005). Implicit Motif Distribution based Hybrid Computational Kernel for Sequence Classification. Bioinformatics, 21(13), 1429-1436. [bib]
  5. Bayir, M. A., Güney, T. D., & Can, T. Integration of topological measures for eliminating non-specific interactions in protein interaction networks. Discrete Applied Mathematics special issue on Networks in Computational Biology. [bib]

Mezunlar

Adı Mevcut Pozisyonu ve Bağlantısı
Ömer Sinan Sarac, Dr. Doktora Sonrası Araştırmacı, BIOTEC DU Dresden
research/bioinfo/index.tr.txt · Son değiştirilme: 2011/03/13 16:56 Değiştiren: Pinar KARAGOZ SENKUL